据统计，南山寺内外壁洞现存有宋、元、明、清、民国的诗词、对联、题字、游记、碑文以及石头造像等摩崖石刻100多处，是古代华南地区金石艺术制作的精品。　

南山寺摩崖遍布于遍布寺山（狮头山）上11个大小岩洞内外，这是一部以石头为页，用隶、篆、草、行、楷诸字体镌刻的一部石书，作者包括皇帝、郡守、州官、县令，被谪迁抵贵的达官要人，途经贵境的骚翁雅士，以及邑绅才子、寺僧居士等。

南山寺文字石刻（含拓本）现存宋代23件，元代2件，明代16件，清代56件，民国7件，朝代待考6件，石刻形式有诗词、题记、题额、序跋和修葺捐资题名碑等。现存年代最古的是北宋庆历元年（1041年）贵州州学教授刻于观音岩石壁上的陈待制《南山一首》。南宋贵州知州陈谠遗有南山石刻“三最”：南山寺摩崖最高处，刻于北极洞顶，即《北洞啜茗题记》；最大字，刻于石佛洞东顶上，即“南山”题额，字径约1米，楷书；最巨幅，刻于观音岩，即《南山诗·　五章八句》诗刻于观音洞石壁，整幅摩崖高2.5米，宽2.6米，字径10厘米，楷书，书法工整，是广西宋代石刻中的名品。此外，宋代梁竦、杨梦信、折彦质、王安中、江邦佐，明代林朝钥、叶原贺、张佳胤、王贞吉、樊问德，清代李彬、杨燝、何世文、马国桢，民国龙觐光、黄寅瑞、梁岵庐，等等，均留有手迹摩崖，最为书法爱好者流连观赏。

据不完全统计，南山寺石窟造像共计有30多尊，这些大小不一的石佛像，法相庄严，姿态各异，刻工精巧，充分显示了我国古代华南石刻艺术已达到相当高的水准。这些石窟佛像群，是贵港地区罕有的古代石窟建筑群，但究竟凿于何朝何代，至今仍是一个未解之谜。在南山寺内大洞北壁上，凿有四尊石佛，建造年代无考，这是南山石窟佛像群的代表作。其中最巨一尊刻于天然石笋之上，此尊站立的巨型石佛像又称为飞来石佛，由石笋凿成，飞来佛东侧为一石鹤，非常逼真。北宋元祐九年（1094年），州官俞括游览南山寺作《游南山寺》，诗中提到“岩呈星斗七，石涌佛身三”，这是现存文献中最早描述提及这处石窟佛像的记载，距今已有近千年历史。

南山寺摩崖石刻内容包括政治、经济、军事、社会、宗教、民俗，等等。南山寺摩崖石刻分布面积之广、文字之多、保存之好、历史之久远的摩崖石刻群，在广西实属罕有。1963年，南山寺摩崖石刻被列入广西第一批自治区级文物保护单位。